BiocCheck report for a small subset of BioC 3.19 packages

This page was generated on 2024-06-03 11:15:01 -0400 (Mon, 03 Jun 2024).

Approx. Package Snapshot Date (git pull): 2024-06-03 10:00:01 -0400 (Mon, 03 Jun 2024)

HostnameOSArch (*)R versionInstalled pkgs
nebbiolo1Linux (Ubuntu 22.04.2 LTS)x86_644.4.0 (2024-04-24) -- "Puppy Cup" 4753
Click on any hostname to see more info about the system (e.g. compilers)      (*) as reported by 'uname -p', except on Windows and Mac OS X

Package status is indicated by one of the following glyphs
  TIMEOUT  
BUILD or BIOCCHECK of package took more than 40 minutes
  ERROR  
Bad DESCRIPTION file, or BUILD or BIOCCHECK of package failed
  WARNINGS  
CHECK of package produced warnings
  OK  
BUILD or BIOCCHECK of package went OK
  NA  
BUILD or BIOCCHECK result is not available because of an anomaly in the Build System
Click on any glyph in the report below to access the detailed report.

QUICK STATSOS / ArchBUILDBIOCCHECK
nebbiolo1Linux (Ubuntu 22.04.2 LTS) / x86_64
17111
0100
PackageMaintainerBUILDBIOCCHECK
1/119affxparser 1.77.0  (landing page)Kasper Daniel Hansen  OK    NA  
2/119affy 1.83.0  (landing page)Robert D. Shear  OK    NA  
3/119affyio 1.75.0  (landing page)Ben Bolstad  OK    NA  
4/119affyPLM 1.81.0  (landing page)Ben Bolstad  OK    NA  
5/119annotate 1.83.0  (landing page)Bioconductor Package Maintainer  OK    NA  
6/119AnnotationDbi 1.67.0  (landing page)Bioconductor Package Maintainer  ERROR  skipped
7/119AnnotationFilter 1.29.0  (landing page)Bioconductor Package Maintainer  OK    NA  
8/119AnnotationForge 1.47.1  (landing page)Bioconductor Package Maintainer  ERROR  skipped
9/119AnnotationHub 3.13.0  (landing page)Bioconductor Package Maintainer  OK    NA  
10/119apeglm 1.27.0  (landing page)Anqi Zhu  OK    NA  
11/119basilisk 1.17.0  (landing page)Aaron Lun  OK    NA  
12/119basilisk.utils 1.17.0  (landing page)Aaron Lun  OK    NA  
13/119beachmat 2.21.3  (landing page)Aaron Lun  OK    NA  
14/119Biobase 2.65.0  (landing page)Bioconductor Package Maintainer  OK    NA  
15/119BiocBaseUtils 1.7.0  (landing page)Marcel Ramos  OK    NA  
16/119BiocCheck 1.41.0  (landing page)Marcel Ramos  OK    NA  
17/119BiocFileCache 2.13.0  (landing page)Lori Shepherd  OK    NA  
18/119BiocGenerics 0.51.0  (landing page)Hervé Pagès  OK    NA  
19/119BiocIO 1.15.0  (landing page)Marcel Ramos  OK    NA  
20/119BiocNeighbors 1.23.0  (landing page)Aaron Lun  OK    NA  
21/119BiocParallel 1.39.0  (landing page)Martin Morgan  ERROR  skipped
22/119BiocSingular 1.21.1  (landing page)Aaron Lun  OK    NA  
23/119BiocStyle 2.33.0  (landing page)Bioconductor Package  OK    NA  
24/119BiocVersion 3.20.0  (landing page)Bioconductor Package Maintainer  OK    ERROR  
25/119biocViews 1.73.0  (landing page)Bioconductor Package Maintainer  OK    NA  
26/119biomaRt 2.61.0  (landing page)Mike Smith  OK    NA  
27/119Biostrings 2.73.1  (landing page)Hervé Pagès  OK    NA  
28/119biovizBase 1.53.0  (landing page)Michael Lawrence  OK    NA  
29/119BSgenome 1.73.0  (landing page)Hervé Pagès  OK    NA  
30/119BSgenomeForge 1.5.0  (landing page)Hervé Pagès  OK    NA  
31/119clusterProfiler 4.13.0  (landing page)Guangchuang Yu  OK    NA  
32/119ComplexHeatmap 2.21.0  (landing page)Zuguang Gu  OK    NA  
33/119csaw 1.39.0  (landing page)Aaron Lun  OK    NA  
34/119cytolib 2.17.0  (landing page)Mike Jiang  OK    NA  
35/119DelayedArray 0.31.1  (landing page)Hervé Pagès  OK    NA  
36/119DelayedMatrixStats 1.27.1  (landing page)Peter Hickey  OK    NA  
37/119DESeq2 1.45.0  (landing page)Michael Love  OK    NA  
38/119DEXSeq 1.51.0  (landing page)Alejandro Reyes  OK    NA  
39/119dir.expiry 1.13.0  (landing page)Aaron Lun  OK    NA  
40/119DOSE 3.31.1  (landing page)Guangchuang Yu  OK    NA  
41/119edgeR 4.3.4  (landing page)Yunshun Chen , Gordon Smyth , Aaron Lun , Mark Robinson  OK    NA  
42/119eds 1.7.0  (landing page)Avi Srivastava  OK    NA  
43/119enrichplot 1.25.0  (landing page)Guangchuang Yu  OK    NA  
44/119ensembldb 2.29.0  (landing page)Johannes Rainer  OK    NA  
45/119ExperimentHub 2.13.0  (landing page)Bioconductor Package Maintainer  OK    NA  
46/119fgsea 1.31.0  (landing page)Alexey Sergushichev  OK    NA  
47/119fishpond 2.11.0  (landing page)Michael Love  OK    NA  
48/119flowCore 2.17.0  (landing page)Mike Jiang  OK    NA  
49/119gcrma 2.77.0  (landing page)Z. Wu  OK    NA  
50/119gdsfmt 1.41.0  (landing page)Xiuwen Zheng  OK    NA  
51/119genefilter 1.87.0  (landing page)Bioconductor Package Maintainer  ERROR  skipped
52/119geneplotter 1.83.0  (landing page)Bioconductor Package Maintainer  OK    NA  
53/119GenomeInfoDb 1.41.1  (landing page)Hervé Pagès  ERROR  skipped
54/119GenomicAlignments 1.41.0  (landing page)Hervé Pagès  OK    NA  
55/119GenomicFeatures 1.57.0  (landing page)H. Pagès  OK    NA  
56/119GenomicRanges 1.57.0  (landing page)Hervé Pagès  ERROR  skipped
57/119GEOquery 2.73.0  (landing page)Sean Davis  OK    NA  
58/119ggbio 1.53.0  (landing page)Michael Lawrence  ERROR  skipped
59/119ggtree 3.13.0  (landing page)Guangchuang Yu  OK    NA  
60/119glmGamPoi 1.17.2  (landing page)Constantin Ahlmann-Eltze  OK    NA  
61/119GOSemSim 2.31.0  (landing page)Guangchuang Yu  OK    NA  
62/119graph 1.83.0  (landing page)Bioconductor Package Maintainer  OK    NA  
63/119Gviz 1.49.0  (landing page)Robert Ivanek  OK    NA  
64/119HDF5Array 1.33.0  (landing page)Hervé Pagès  OK    NA  
65/119illuminaio 0.47.0  (landing page)Kasper Daniel Hansen  OK    NA  
66/119impute 1.79.0  (landing page)Balasubramanian Narasimhan  OK    NA  
67/119interactiveDisplayBase 1.43.0  (landing page)Bioconductor Package Maintainer  OK    NA  
68/119IRanges 2.39.0  (landing page)Hervé Pagès  OK    NA  
69/119KEGGgraph 1.65.0  (landing page)Jitao David Zhang  OK    NA  
70/119KEGGREST 1.45.0  (landing page)Bioconductor Package Maintainer  OK    NA  
71/119limma 3.61.1  (landing page)Gordon Smyth  OK    NA  
72/119MatrixGenerics 1.17.0  (landing page)Peter Hickey  OK    NA  
73/119metapod 1.13.0  (landing page)Aaron Lun  OK    NA  
74/119microRNA 1.63.0  (landing page)"James F. Reid"  OK    NA  
75/119MsCoreUtils 1.17.0  (landing page)RforMassSpectrometry Package Maintainer  OK    NA  
76/119MSnbase 2.31.1  (landing page)Laurent Gatto  OK    NA  
77/119multtest 2.61.0  (landing page)Katherine S. Pollard  OK    NA  
78/119mzID 1.43.0  (landing page)Laurent Gatto  OK    NA  
79/119mzR 2.39.0  (landing page)Steffen Neumann  OK    NA  
80/119OrganismDbi 1.47.0  (landing page)Bioconductor Package Maintainer  OK    NA  
81/119pcaMethods 1.97.0  (landing page)Henning Redestig  OK    NA  
82/119preprocessCore 1.67.0  (landing page)Ben Bolstad  OK    NA  
83/119ProtGenerics 1.37.0  (landing page)Laurent Gatto  OK    NA  
84/119qvalue 2.37.0  (landing page)John D. Storey , Andrew J. Bass  OK    NA  
85/119RBGL 1.81.0  (landing page)Bioconductor Package Maintainer  OK    NA  
86/119rBiopaxParser 2.45.0  (landing page)Frank Kramer  OK    NA  
87/119Rdisop 1.65.1  (landing page)Steffen Neumann  OK    NA  
88/119ResidualMatrix 1.15.0  (landing page)Aaron Lun  TIMEOUT  skipped
89/119Rgraphviz 2.49.0  (landing page)Kasper Daniel Hansen  OK    NA  
90/119rhdf5 2.49.0  (landing page)Mike Smith  OK    NA  
91/119rhdf5filters 1.17.0  (landing page)Mike Smith  OK    NA  
92/119Rhdf5lib 1.27.0  (landing page)Mike Smith  OK    NA  
93/119Rhtslib 3.1.0  (landing page)Hervé Pagès  OK    NA  
94/119ROC 1.81.0  (landing page)Vince Carey  OK    NA  
95/119RProtoBufLib 2.17.0  (landing page)Mike Jiang  OK    NA  
96/119Rsamtools 2.21.0  (landing page)Bioconductor Package Maintainer  OK    NA  
97/119Rsubread 2.19.0  (landing page)Wei Shi , Yang Liao and Gordon K Smyth  OK    NA  
98/119rtracklayer 1.65.0  (landing page)Michael Lawrence  OK    NA  
99/119S4Arrays 1.5.1  (landing page)Hervé Pagès  OK    NA  
100/119S4Vectors 0.43.0  (landing page)Hervé Pagès  OK    NA  
101/119ScaledMatrix 1.13.0  (landing page)Aaron Lun  OK    NA  
102/119scuttle 1.15.0  (landing page)Aaron Lun  OK    NA  
103/119ShortRead 1.63.0  (landing page)Bioconductor Package Maintainer  OK    NA  
104/119SingleCellExperiment 1.27.2  (landing page)Davide Risso  OK    NA  
105/119snpStats 1.55.0  (landing page)David Clayton  OK    NA  
106/119SparseArray 1.5.7  (landing page)Hervé Pagès  OK    NA  
107/119sparseMatrixStats 1.17.0  (landing page)Constantin Ahlmann-Eltze  OK    NA  
108/119SPIA 2.57.0  (landing page)Adi Laurentiu Tarca  OK    NA  
109/119SummarizedExperiment 1.35.0  (landing page)Hervé Pagès  OK    NA  
110/119treeio 1.29.0  (landing page)Guangchuang Yu  OK    NA  
111/119tximeta 1.23.1  (landing page)Michael Love  OK    NA  
112/119tximport 1.33.0  (landing page)Michael Love  OK    NA  
113/119UCSC.utils 1.1.0  (landing page)Hervé Pagès  OK    NA  
114/119VariantAnnotation 1.51.0  (landing page)Bioconductor Package Maintainer  OK    NA  
115/119vsn 3.73.0  (landing page)Wolfgang Huber  OK    NA  
116/119widgetTools 1.83.0  (landing page)Jianhua Zhang  OK    NA  
117/119XVector 0.45.0  (landing page)Hervé Pagès  OK    NA  
118/119zellkonverter 1.15.0  (landing page)Luke Zappia  OK    NA  
119/119zlibbioc 1.51.0  (landing page)Bioconductor Package Maintainer  OK    NA