API(Application Interface)
- llDataFileRead
- llDataFileRead(
FILE* fptIn,
llData* llDataIn,
llDataParaTypeInteger* status
)
- llDataFileWrite
- llDataFileRead(
FILE* fptIn,
llData* llDataIn,
llDataParaTypeInteger* status
)
Information from source codes
llData.h
/*
# %M% %Y% %I%
# The latest update : %G% at %U%
#
#%Z% llData.h ver %I%
#%Z% Created by
#%Z%
#%Z% Usage : llData.h
#%Z% Attention
#%Z%
* Edited by tacyas@tkyemg
* 1992.10.24-
*/
#ifndef LL_DATA_H
#define LL_DATA_H
#include
#include
#include "ctfInfo.h"
/* constant begin */
typedef unsigned int llDataStatusType;
#define llDataStatusOK ((llDataStatusType)0x00000000)
/* ReferFile */
#define llDataCanNotReadFile ((llDataStatusType)0x00010000);
#define llDataCanNotWriteFile ((llDataStatusType)0x00010001);
#ifdef __LLDATAINIT__
char* llDataErrorMsgReferFile[] = {
"File Pointer ",
""
};
char* llDataReferenceData[] = {
"Amos,L.A. & Klug,A. J.Mol.Biol(1975),99,51-73",
" Three-dimensional Image Reconstructions of the Contractile Tail of T4 Bacteriophage",
" Appendix: Combination of Data from Helical Particles : Correlation and Selection",
" Amos,L.A",
" delta(theta)= -n*delta(phi) + 2*PI*Z*delta(z)",
" Klug,A. Crick,A., F.H.C. & Wyckoff,H.W. Acta Crystallogr.sect.(1958),11,199-213",
NULL
};
#else
extern char* llDataErrorMsgReferFile[];
extern char* llDataReferenceData[];
#endif
#define DefaultStringLength (256)
#define NearSide (0)
#define FarSide (1)
#define AverageSide (2)
#define SidePosition (14)
#define CommentLength (80)
#define WeightPosition (SidePosition+4+CommentLength)
#define NNPosition (WeightPosition+12)
#define NLPosition (NNPosition+5)
#define LLDataFormat "%12.5e%12.5e%12.5e\n"
#define LLDataFormat0 "%12.5e%12.5e%12.5e"
#define LLDataFormat1 "%12.5e %12.5e %12.5e"
#define RRPosition (0)
#define FPosition (RRPosition+12)
#define PHIPosition (FPosition +12)
#define PVALUE_MODE (0x01)
#define QVALUE_MODE (0x02)
#define RVALUE_MODE (0x04)
#define Q2VALUE_MODE (0x08)
typedef int llDataParaTypeInteger;
typedef float llDataParaTypeReal;
typedef enum llDataPole {
llDataPoleNormal = 0,
llDataPoleAnti = 1
} llDataPole;
typedef enum llDataMode {
llDataModeMemoryNotAllocate = 0,
llDataModeMemoryAllocate = 1
} llDataMode;
/* contant end */
/* struct begin */
typedef struct llComplex {
llDataParaTypeReal R; /* Spherical R */
llDataParaTypeReal RR; /* Radial R */
llDataParaTypeReal F; /* F*exp(PHI) */
llDataParaTypeReal PHI;
llDataParaTypeReal Re; /* Re + i * Im */
llDataParaTypeReal Im;
} llComplex;
typedef struct oneLLData {
char Head[DefaultStringLength]; /* Comment */
llDataParaTypeReal Weight; /* Weight of This Layer Line */
llDataParaTypeInteger nn; /* The [n] dim. Bessel function */
llDataParaTypeInteger nl; /* The [l]th layer line */
llDataParaTypeInteger nm; /* [l] = t*[n]+s*[m] */
llComplex* data; /* Layer line data */
llDataParaTypeInteger Side; /* Near/Far Side/Average */
llDataParaTypeInteger nR; /* Number of layer line data */
llDataParaTypeReal Z;
llDataParaTypeInteger iZ;
llDataParaTypeReal RMin; /* Radial R Info */
llDataParaTypeInteger iRMin;
llDataParaTypeReal RMax;
llDataParaTypeInteger iRMax;
llDataParaTypeReal delBR;
llDataParaTypeReal Fmax; /* Fmax */
long dummy;
} oneLLData;
typedef struct llData {
llDataMode mode;
llDataParaTypeInteger llMax;
llDataParaTypeInteger nRMax;
llDataParaTypeReal truePitch;
llDataParaTypeReal Weight;
llDataParaTypeReal rScale;
llDataPole Pole;
llDataParaTypeReal Side;
llDataParaTypeInteger RRInfoSet;
llDataParaTypeInteger FmaxSet;
llDataParaTypeInteger RValueSet;
llDataParaTypeInteger ZValueSet;
oneLLData* LL;
} llData;
typedef struct llDataBoth {
llData Nea;
llData Far;
} llDataBoth;
typedef struct llDataAttributes {
llDataMode mode;
llDataParaTypeInteger llMax;
llDataParaTypeInteger nRMax;
llDataParaTypeReal truePitch;
llDataParaTypeReal Weight;
llDataParaTypeReal rScale;
llDataPole Pole;
llDataParaTypeReal Side;
oneLLData* LL;
} llDataAttributes;
/* in llDataIntensityInformationGet.c */
typedef struct onelllDataIntensityInformation {
int LL;
int n;
int l;
int flagI;
double I;
int flagPeak;
double Peak;
} onelllDataIntensityInformation;
typedef struct lllDataIntensityInformation {
onelllDataIntensityInformation* onedata;
llDataParaTypeInteger llMax;
} lllDataIntensityInformation;
/* struct end */
/* prototype begin */
#ifdef __cplusplus
extern "C" {
#endif
/* in llDataRead.c */
extern void llDataFileRead(FILE* fpt, llData* ll, llDataParaTypeInteger* status);
extern void llDataFileReadFollowingllData(FILE* fpt, llData* ll, llData* Ref, llDataParaTypeInteger* status);
extern void llDataFileReadFollowingAttributes(FILE* fpt, llData* ll, llDataAttributes* attr, llDataParaTypeInteger* status);
/* in llDataWrite.c */
extern void llDataFileWrite(FILE* fpt, llData* ll, llDataParaTypeInteger* status);
/* in llDataInit.c */
extern void llDataInit(llData* ll);
extern void llDataInitWithReference(llData* ll, llData* ref);
extern void llDataInitWithReference2(llData* ll, llData* ref, int side);
extern void llDataHeaderInit(llData* ll);
extern void llDataDataInit(llData* ll);
extern void llDataFree(llData* ll);
extern void llDataHeaderFree(llData* ll);
extern void llDataDataFree(llData* ll);
/* in llDataInfo.c */
extern void llDataInfoPrint(FILE* fpt, llData* ll, long WhichLayer, long WhatInfo);
extern void llDataInfoPrintUsage(FILE* fpt);
/* in llDataUtil.c */
extern void llDataRValueSet(llData* dst, int mode);
extern void llDataFmaxSet(llData* dst, int mode);
extern void llDataZValueSet(llData* dst, int mode);
extern llDataParaTypeInteger* llDataTableBetweenTwollDataCreate(llData* ll1, llData* ll2, int mode);
extern inline llDataParaTypeReal nearSidePhaseGet(llDataParaTypeReal phase,
llDataParaTypeInteger nn,
llDataParaTypeInteger side,
llDataParaTypeInteger pole);
extern inline llDataParaTypeReal farSidePhaseGet(llDataParaTypeReal phase,
llDataParaTypeInteger nn,
llDataParaTypeInteger side,
llDataParaTypeInteger pole);
extern void lllDataAttributeCopy(llData* ll1, llData* ll2);
extern void lllDataHeaderCopy(llData* ll1, llData* ll2);
extern void lllDataCopy(llData* ll1, llData* ll2);
extern void lllDataClear(llData* ll1);
extern void lllDataMul(llData* ll1, llData* ll2);
extern void lllDataPoleSet(llData* ll1, llDataPole pole);
extern void lllDataSideSet(llData* ll1, llDataParaTypeInteger Side);
extern void lllDataMultiplyReal(llData* ll1, llDataParaTypeReal f);
extern void lllDataDevidedByReal(llData* ll1, llDataParaTypeReal f);
/* in lllDataAdd.c */
extern void lllDataAdd(llData* ll1, llData* ll2);
extern void lllDataAdd2(llData* ll, llData* ll1, llData* ll2);
/* in lllDataAvgTo */
extern void lllDataAvgTo(llData* dst, llData* src, llDataParaTypeInteger Side);
extern void lllDataAvgToNea(llData* nea, llData* avg);
extern void lllDataAvgToFar(llData* far, llData* avg);
/* lllDataWeightSet.c */
extern void lllDataWeightSet(FILE* fpt, llData* ll, llDataParaTypeReal w, long mode);
/* FILE FORMAT
nn nl weight
............
Mode 0: llData.LL[].Weight = 0 without Definition
*/
/* llDataGet.c */
extern inline long llDataValueGet(llData* ll, long l, double R, double* re, double *im);
extern inline long llDataValueGet2(llData* ll, long nn, long nl, double R, double* re, double *im);
extern long llDataLayerNumberGet(llData* ll, long n, long l);
extern long llDataNLNumberGet(llData* ll);
/* llDataSet.c */
extern void llDataFandPHISet(llData* ll);
extern void llDataReAndImSet(llData* ll);
extern void llDataRRSet(llData* ll);
extern void llDataRRInfoSet(llData* ll);
extern void llDataAttributesSet2(llData* dst, llData* src);
/* llDataCheck.c */
extern long llDataSizeCheck(llData* ll1, llData* ll2, char* message);
/* in llDataIntensityInformationGet.c */
extern void lllDataIntensityInformationGet(llData* in, lllDataIntensityInformation* data, int mode);
/* in llDataError.h */
extern void llDataError(char* s);
extern void llDataErrorMessage(void);
#ifdef __cplusplus
};
#endif
/* prototype end */
#endif /* LL_DATA_H */