### R code from vignette source 'specL.Rnw'

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### code chunk number 1: style-Sweave
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BiocStyle::latex()


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### code chunk number 2: specL.Rnw:76-78
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rm(list=ls())
options(width = 80)


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### code chunk number 3: specL.Rnw:81-83
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library(specL)
packageVersion('specL')


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### code chunk number 4: specL.Rnw:97-98
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summary(peptideStd)


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### code chunk number 5: specL.Rnw:109-110
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plot(peptideStd)


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### code chunk number 6: specL.Rnw:116-119
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demoIdx <- 40
# str(peptideStd[[demoIdx]])
res <- plot(peptideStd[[demoIdx]], ion.axes=TRUE)


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### code chunk number 7: specL.Rnw:145-146
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specL:::.mascot2psmSet


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### code chunk number 8: specL.Rnw:171-181
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irtFASTAseq <- paste(">zz|ZZ_FGCZCont0260|",
"iRT_Protein_with_AAAAK_spacers concatenated Biognosys\n",
"LGGNEQVTRAAAAKGAGSSEPVTGLDAKAAAAKVEATFGVDESNAKAAAAKYILAGVENS",
"KAAAAKTPVISGGPYEYRAAAAKTPVITGAPYEYRAAAAKDGLDAASYYAPVRAAAAKAD",
"VTPADFSEWSKAAAAKGTFIIDPGGVIRAAAAKGTFIIDPAAVIRAAAAKLFLQFGAQGS",
"PFLK\n")

Tfile <- file();  cat(irtFASTAseq, file = Tfile);
fasta.irtFASTAseq <- read.fasta(Tfile, as.string=TRUE, seqtype="AA")
close(Tfile)


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### code chunk number 9: specL.Rnw:187-188
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peptideStd[[demoIdx]]$proteinInformation


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### code chunk number 10: specL.Rnw:192-194
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peptideStd <- annotate.protein_id(peptideStd, 
    fasta=fasta.irtFASTAseq)


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### code chunk number 11: specL.Rnw:200-202
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(idx<-which(unlist(lapply(peptideStd, 
    function(x){nchar(x$proteinInformation)>0}))))


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### code chunk number 12: specL.Rnw:208-209
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peptideStd[[demoIdx]]$proteinInformation


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### code chunk number 13: specL.Rnw:214-215 (eval = FALSE)
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## digestPattern = "(([RK])|(^)|(^M))"


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### code chunk number 14: specL.Rnw:231-233
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res.genSwathIonLib <- genSwathIonLib(data=peptideStd, 
                                     data.fit=peptideStd.redundant)


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### code chunk number 15: specL.Rnw:255-256
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summary(res.genSwathIonLib)


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### code chunk number 16: specL.Rnw:263-264
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res.genSwathIonLib@ionlibrary[[demoIdx]]


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### code chunk number 17: specL.Rnw:268-269
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plot(res.genSwathIonLib@ionlibrary[[demoIdx]])


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### code chunk number 18: specL.Rnw:273-286
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# define customized fragment ions
# for demonstration lets consider only the top five singly charged y ions.

r.genSwathIonLib.top5 <- genSwathIonLib(peptideStd,
    peptideStd.redundant, topN=5,
    fragmentIonFUN=function (b, y) {
      return( cbind(y1_=y) )
      }
    )

             
plot(r.genSwathIonLib.top5@ionlibrary[[demoIdx]])



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### code chunk number 19: specL.Rnw:319-320 (eval = FALSE)
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## iRTpeptides


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### code chunk number 20: specL.Rnw:326-328 (eval = FALSE)
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## fit <- lm(formula = rt ~ aggregateInputRT * fileName, data=m)
## 


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### code chunk number 21: specL.Rnw:335-339 (eval = FALSE)
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## data<-aggregate(df$rt, by=list(df$peptide, df$fileName), FUN=mean)
## data.fit<-aggregate(df.fit$rt, 
##                     by=list(df.fit$peptide, df.fit$fileName), 
##                     FUN=mean)


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### code chunk number 22: specL.Rnw:344-345 (eval = FALSE)
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## m <- merge(iRT, data.fit, by.x='peptide', by.y='peptide')


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### code chunk number 23: specL.Rnw:355-359
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# calls the plot method for a specLSet object
op<-par(mfrow=c(2,3)) 
plot(res.genSwathIonLib)
par(op)


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### code chunk number 24: specL.Rnw:370-380
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idx.iRT<-which(unlist(lapply(peptideStd, function(x){
  if(x$peptideSequence %in% iRTpeptides$peptide){0}else{1}
  })) == 0)

# remove all iRTs and compute ion library
res.genSwathIonLib.no_iRT <- genSwathIonLib(peptideStd[-idx.iRT])
summary(res.genSwathIonLib.no_iRT)
op<-par(mfrow=c(2,3)) 
plot(res.genSwathIonLib.no_iRT)
par(op)


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### code chunk number 25: specL.Rnw:386-387
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write.spectronaut(res.genSwathIonLib, file="specL-Spectronaut.txt")


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### code chunk number 26: specL.Rnw:427-431 (eval = FALSE)
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## res <- genSwathIonLib(data, data.fit,
##   topN=10, 
##   fragmentIonMzRange=c(200,2000), 
##   fragmentIonRange=c(2,100))


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### code chunk number 27: sessioninfo
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toLatex(sessionInfo())