################################################### ### chunk number 1: eval=FALSE ################################################### ## scheme.u133p2 <- root.scheme(paste(scmdir,"Scheme_HGU133p2_na28.root",sep="/")) ## data.u133p2 <- root.data(scheme.u133p2, paste(datdir,"HuTissuesU133P2_cel.root",sep="/")) ################################################### ### chunk number 2: eval=FALSE ################################################### ## data.rma <- rma(data.u133p2, "MixU133P2RMA", filedir=outdir) ################################################### ### chunk number 3: eval=FALSE ################################################### ## expr.rma <- express(data.u133p2, "U133P2Exprs", filedir=outdir, tmpdir="", update=FALSE, ## bgcorrect.method="rma", bgcorrect.select="none", bgcorrect.option="pmonly:epanechnikov", ## bgcorrect.params=c(16384), normalize.method="quantile", normalize.select="pmonly", ## normalize.option="transcript:together:none", normalize.logbase="0", ## normalize.params=c(0.0), summarize.method="medianpolish", summarize.select="pmonly", ## summarize.option="transcript", summarize.logbase="log2", summarize.params=c(10, 0.01, 1.0)) ################################################### ### chunk number 4: eval=FALSE ################################################### ## expr <- validExpr(expr.rma) ################################################### ### chunk number 5: eval=FALSE ################################################### ## bgrd.rma <- express(data.u133p2, "BgrdRMA", filedir=outdir, tmpdir="", update=FALSE, ## bgcorrect.method="rma", bgcorrect.select="none", bgcorrect.option="pmonly:epanechnikov", ## bgcorrect.params=c(16384)) ################################################### ### chunk number 6: eval=FALSE ################################################### ## bgrdnames <- colnames(validBgrd(bgrd.rma)) ## datanames <- colnames(validData(bgrd.rma)) ## image(bgrd.rma, bg=TRUE, transfo=log2, col=heat.colors(12), names=bgrdnames[4]) ## image(bgrd.rma, transfo=log2, col=heat.colors(12), names=datanames[4]) ################################################### ### chunk number 7: eval=FALSE ################################################### ## hist(data.u133p2, which="pm") ## hist(bgrd.rma, which="pm") ################################################### ### chunk number 8: eval=FALSE ################################################### ## boxplot(data.u133p2, which="pm") ## boxplot(bgrd.rma, which="pm") ################################################### ### chunk number 9: eval=FALSE ################################################### ## bgrd <- validBgrd(bgrd.rma, which="pm") ## data <- validData(bgrd.rma, which="pm") ## boxplot(log2(bgrd), las=2) ## boxplot(log2(data), las=2) ################################################### ### chunk number 10: eval=FALSE ################################################### ## norm.qu <- express(bgrd.rma, "NormQuan", filedir=outdir, tmpdir="", update=FALSE, ## normalize.method="quantile", normalize.select="pmonly", ## normalize.option="transcript:together:none", normalize.logbase="0", ## normalize.params=c(0.0)) ################################################### ### chunk number 11: eval=FALSE ################################################### ## hist(norm.qu, which="pm") ## boxplot(norm.qu, which="pm") ################################################### ### chunk number 12: eval=FALSE ################################################### ## data <- validData(norm.qu, which="pm") ## plot(log2(data[,1]), log2(data[,2]), xlab="BreastA", ylab="BreastB") ## plot(log2(data[,1]), log2(data[,4]), xlab="BreastA", ylab="ProstateA") ################################################### ### chunk number 13: eval=FALSE ################################################### ## expr.mp <- express(norm.qu, "ExprMedpol", filedir=outdir, tmpdir="", update=FALSE, ## summarize.method="medianpolish", summarize.select="pmonly", ## summarize.option="transcript", summarize.logbase="log2", ## summarize.params=c(10, 0.01, 1.0), bufsize=32000) ################################################### ### chunk number 14: eval=FALSE ################################################### ## hist(expr.mp) ## boxplot(expr.mp) ################################################### ### chunk number 15: eval=FALSE ################################################### ## expr <- validData(expr.mp) ## plot(log2(expr[,1]), log2(expr[,2]), xlab="BreastA", ylab="BreastB") ## plot(log2(expr[,1]), log2(expr[,4]), xlab="BreastA", ylab="ProstateA") ################################################### ### chunk number 16: eval=FALSE ################################################### ## bgrd.rma <- express(data.u133p2, "BgrdRMA", filedir=outdir, tmpdir="", update=FALSE, ## bgcorrect.method="rma", bgcorrect.select="none", bgcorrect.option="pmonly:epanechnikov", ## bgcorrect.params=c(16384)) ################################################### ### chunk number 17: eval=FALSE ################################################### ## bgrd.mas4 <- express(data.u133p2, "BgrdMAS4", filedir=outdir, tmpdir="", update=FALSE, ## bgcorrect.method="sector", bgcorrect.select="all", bgcorrect.option="subtractbg", ## bgcorrect.params=c(0.02, 4, 4, 0)) ################################################### ### chunk number 18: eval=FALSE ################################################### ## bgrd.mas <- express(data.u133p2, "BgrdMAS8x8", filedir=outdir, tmpdir="", update=FALSE, ## bgcorrect.method="sector", bgcorrect.select="both", bgcorrect.option="correctbg", ## bgcorrect.params=c(0.02, 8, 8, 3, 0.5)) ################################################### ### chunk number 19: eval=FALSE ################################################### ## bgrdnames <- colnames(validBgrd(bgrd.mas4)) ## image(bgrd.mas4, bg=TRUE, transfo=log2, col=heat.colors(12), names=bgrdnames[4]) ## bgrdnames <- colnames(validBgrd(bgrd.mas)) ## image(bgrd.mas, bg=TRUE, transfo=log2, col=heat.colors(12), names=bgrdnames[4]) ################################################### ### chunk number 20: eval=FALSE ################################################### ## bgrd.mas5 <- express(data.u133p2, "BgrdMAS5", filedir=outdir, tmpdir="", update=FALSE, ## bgcorrect.method="weightedsector", bgcorrect.select="both", bgcorrect.option="correctbg", ## bgcorrect.params=c(0.02, 4, 4, 0, 100, 0.5)) ################################################### ### chunk number 21: eval=FALSE ################################################### ## hist(bgrd.mas5, which="both") ## bgrd <- validBgrd(bgrd.mas5) ## boxplot(log2(bgrd), las=2) ################################################### ### chunk number 22: eval=FALSE ################################################### ## bgrd.mas <- express(data.u133p2, "BgrdMAS5_8x8", filedir=outdir, tmpdir="", update=FALSE, ## bgcorrect.method="weightedsector", bgcorrect.select="both", bgcorrect.option="correctbg", ## bgcorrect.params=c(0.02, 8, 8, 3, 100, 0.5)) ################################################### ### chunk number 23: eval=FALSE ################################################### ## bgrdnames <- colnames(validBgrd(bgrd.mas5)) ## image(bgrd.mas5, bg=TRUE, transfo=log2, col=heat.colors(12), names=bgrdnames[4]) ## bgrdnames <- colnames(validBgrd(bgrd.mas4)) ## image(bgrd.mas, bg=TRUE, transfo=log2, col=heat.colors(12), names=bgrdnames[4]) ################################################### ### chunk number 24: eval=FALSE ################################################### ## bgrd.gc <- express(data.u133p2, "BgrdGC", filedir=outdir, tmpdir="", update=FALSE, ## bgcorrect.method="gccontent", bgcorrect.select="none", bgcorrect.option="attenuatebg", ## bgcorrect.params=c(0.4, 0.005, -1.0)) ################################################### ### chunk number 25: eval=FALSE ################################################### ## hist(bgrd.gc, which="pm") ## bgrd <- validBgrd(bgrd.gc, which="pm") ## boxplot(log2(bgrd), las=2) ################################################### ### chunk number 26: eval=FALSE ################################################### ## bgrdnames <- colnames(validBgrd(bgrd.gc)) ## image(bgrd.gc, bg=TRUE, transfo=log2, col=heat.colors(12), names=bgrdnames[4]) ################################################### ### chunk number 27: eval=FALSE ################################################### ## norm.qu <- express(bgrd.mas, "NormQuan", filedir=outdir, update=FALSE, ## normalize.method="quantile", normalize.select="all", ## normalize.option="transcript:together:none", ## normalize.logbase="0", normalize.params=c(0.0, 1.0)) ################################################### ### chunk number 28: eval=FALSE ################################################### ## norm.mn <- express(bgrd.mas, "NormMean", filedir=outdir, tmpdir="", update=FALSE, ## normalize.method="mean", normalize.select="both", normalize.option="transcript:all", ## normalize.logbase="0", normalize.params=c(0.0, -1)) ################################################### ### chunk number 29: eval=FALSE ################################################### ## norm.md <- express(bgrd.mas, "NormMedian", filedir=outdir, tmpdir="", update=FALSE, ## normalize.method="median", normalize.select="pmonly", normalize.option="transcript:all", ## normalize.logbase="log2", normalize.params=c(500), reference.index=1) ################################################### ### chunk number 30: eval=FALSE ################################################### ## norm.low <- express(bgrd.mas, "NormLowess", filedir=outdir, tmpdir="", update=FALSE, ## normalize.method="lowess", normalize.select="pmonly", normalize.option="transcript:all", ## normalize.logbase="log2", normalize.params=c(0.67, 3.0, 0.0, 0.0)) ################################################### ### chunk number 31: eval=FALSE ################################################### ## norm.sup <- express(bgrd.mas, "NormSupsmuR2", filedir=outdir, tmpdir="", update=FALSE, ## normalize.method="supsmu", normalize.select="pmonly", normalize.option="transcript:all", ## normalize.logbase="log2", normalize.params=c(0.0, 0.0, 2.0, 0.0)) ################################################### ### chunk number 32: eval=FALSE ################################################### ## hist(norm.sup, which="pm") ## boxplot(norm.sup, which="pm") ################################################### ### chunk number 33: eval=FALSE ################################################### ## expr.mp <- express(norm.qu, "ExprMedpol", filedir=outdir, update=FALSE, ## summarize.method="medianpolish", summarize.select="pmonly", summarize.option="transcript", ## summarize.logbase="log2", summarize.params=c(10, 0.01, 1.0)) ################################################### ### chunk number 34: eval=FALSE ################################################### ## expr.adf <- express(bgrd.mas, "ExprAvgDif", filedir=outdir, update=FALSE, ## summarize.method="avgdiff", summarize.select="none", summarize.option="transcript", ## summarize.logbase="0", summarize.params=c(3.0)) ################################################### ### chunk number 35: eval=FALSE ################################################### ## expr.tbw <- express(bgrd.mas, "ExprTukey", filedir=outdir, update=FALSE, ## summarize.method="tukeybiweight", summarize.select="none", summarize.option="transcript", ## summarize.logbase="log2", summarize.params=c(0.03, 10.0, 2.0e-20, 5.0, 0.0001, 1.0, 0.5)) ################################################### ### chunk number 36: eval=FALSE ################################################### ## hist(expr.tbw) ## boxplot(expr.tbw) ################################################### ### chunk number 37: eval=FALSE ################################################### ## expr <- validData(expr.tbw) ## plot(log2(expr[,1]), log2(expr[,2]), xlab="BreastA", ylab="BreastB") ## plot(log2(expr[,1]), log2(expr[,4]), xlab="BreastA", ylab="ProstateA") ################################################### ### chunk number 38: eval=FALSE ################################################### ## expr.dfw <- express(norm.qu, "ExprDFW", filedir=outdir, update=FALSE, ## summarize.method="dfw", summarize.select="pmonly", summarize.option="transcript", ## summarize.logbase="log2", summarize.params=c(3.0, 1.0, 0.01)) ################################################### ### chunk number 39: eval=FALSE ################################################### ## hist(expr.dfw) ## boxplot(expr.dfw) ################################################### ### chunk number 40: eval=FALSE ################################################### ## expr <- validData(expr.dfw) ## plot(log2(expr[,1]), log2(expr[,2]), xlab="BreastA", ylab="BreastB") ## plot(log2(expr[,1]), log2(expr[,4]), xlab="BreastA", ylab="ProstateA") ################################################### ### chunk number 41: eval=FALSE ################################################### ## expr.frm <- express(norm.qu, "ExprFARMS", filedir=outdir, update=FALSE, ## summarize.method="farms", summarize.select="pmonly", summarize.option="transcript", ## summarize.logbase="log2", summarize.params=c(131, 0.5, 0.0, 1.0, 0.00001, 100, 1)) ################################################### ### chunk number 42: eval=FALSE ################################################### ## hist(expr.frm) ## boxplot(expr.frm) ################################################### ### chunk number 43: eval=FALSE ################################################### ## expr <- validData(expr.frm) ## plot(log2(expr[,1]), log2(expr[,2]), xlab="BreastA", ylab="BreastB") ## plot(log2(expr[,1]), log2(expr[,4]), xlab="BreastA", ylab="ProstateA") ################################################### ### chunk number 44: eval=FALSE ################################################### ## nrxp.mn <- normalize(expr.tbw, "NrmExpMean", filedir=outdir, update=FALSE, ## select="separate", method="mean", option="transcript:all", logbase="0", ## refindex=1, refmethod="mean", params=c(0.02, 500)) ################################################### ### chunk number 45: eval=FALSE ################################################### ## hist(nrxp.mn) ## boxplot(nrxp.mn) ################################################### ### chunk number 46: eval=FALSE ################################################### ## nrxp.low <- normalize(expr.tbw, "tmp_NrmExpLow", filedir=outdir, update=FALSE, ## select="separate", method="lowess", option="transcript:all", logbase="log2", ## refindex=0, refmethod="mean", params=c(0.67, 3, 0.0, 0.0)) ################################################### ### chunk number 47: eval=FALSE ################################################### ## nrxp.sup <- normalize(expr.tbw, "tmp_NrmExpSupR2", filedir=outdir, update=FALSE, ## select="separate", method="supsmu", option="transcript:all", logbase="log2", ## refindex=0, refmethod="mean", params=c(0.0, 0.0, 2, 0.0))