###################################################
### chunk number 1: 
###################################################
library(simpleaffy) ##the affy package also gets loaded
library(affy)


###################################################
### chunk number 2: 
###################################################
library(simpleaffy) ##load the simpleaffy package 
                    ##(which loads the affy package too)


###################################################
### chunk number 3: 
###################################################
data(qcs)


###################################################
### chunk number 4: 
###################################################
ratios(qcs)
avbg(qcs)
maxbg(qcs)
minbg(qcs)
spikeInProbes(qcs)
qcProbes(qcs)
percent.present(qcs)
plot(qcs)
sfs(qcs)
target(qcs)
ratios(qcs)


###################################################
### chunk number 5: 
###################################################
 plot(qcs)


###################################################
### chunk number 6: 
###################################################
cleancdfname("HGU_133_plus_2")