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### chunk number 1: foo
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options(keep.source = TRUE, width = 60)
foo <- packageDescription("CGHnormaliter")


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### chunk number 2: loaddata
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library(CGHnormaliter)
data(Leukemia)


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### chunk number 3: runnormaliter
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result <- CGHnormaliter(Leukemia, nchrom=3)


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### chunk number 4: acceess
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normalized.data <- copynumber(result)
segmented.data <- segmented(result)
called.data <- calls(result)


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### chunk number 5: fig1plot
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plot(result[,2])


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### chunk number 6: fig1
###################################################
plot(result[,2])


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### chunk number 7: save
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CGHnormaliter.write.table(result)