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### chunk number 1: lkd1
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library(ind1KG)
library(Rsamtools)
pup17 = gzfile(system.file("pileups/n240_17.pup.gz", package="ind1KG"))
c17p.i = readPileup(pup17, variant="indel")
c17p.i


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### chunk number 2: li
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library(SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20080617)
c6 = getSNPlocs("chr6")
c6[1:5,]


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### chunk number 3: getg
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library(org.Hs.eg.db)
egid = get("CDRT4", revmap(org.Hs.egSYMBOL))
kgid = get(egid, org.Hs.egUCSCKG)
library(GenomicFeatures)
library(GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18)
library(IRanges)
genes = geneHuman()
cdrt4info = genes[ genes$name == kgid, ]
trloc = transcripts(cdrt4info)
trr = ranges(trloc)[["chr17"]]
c17p.i[ which(ranges(c17p.i)[["17"]]%in% trr), ]


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### chunk number 4: lkm
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exloc = exons(cdrt4info)
exr = ranges(exloc)[["chr17"]]
c17p.i[ which(ranges(c17p.i)[["17"]]%in% exr), ]


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### chunk number 5: lkd
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library(ind1KG)
library(snpMatrix)
data(yri240_6)
yri240_6$hm
yri240_6$supp[1:10,]


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### chunk number 6: lklu
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library(lumiHumanIDMapping)
con = lumiHumanIDMapping_dbconn()
dbListTables(con)
dbGetQuery(con, "select * from HumanWG6_V1 limit 5")


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### chunk number 7: ll
###################################################
sessionInfo()