################################################### ### chunk number 1: ################################################### options(width = 95) ################################################### ### chunk number 2: ################################################### library(topGO) library(ALL) data(ALL) data(geneList) ################################################### ### chunk number 3: ################################################### affyLib <- paste(annotation(ALL), "db", sep = ".") library(package = affyLib, character.only = TRUE) ################################################### ### chunk number 4: ################################################### sum(topDiffGenes(geneList)) ################################################### ### chunk number 5: ################################################### sampleGOdata <- new("topGOdata", description = "Simple session", ontology = "BP", allGenes = geneList, geneSel = topDiffGenes, nodeSize = 10, annot = annFUN.db, affyLib = affyLib) ################################################### ### chunk number 6: ################################################### sampleGOdata ################################################### ### chunk number 7: ################################################### resultFisher <- runTest(sampleGOdata, algorithm = "classic", statistic = "fisher") ################################################### ### chunk number 8: ################################################### resultFisher ################################################### ### chunk number 9: ################################################### resultKS <- runTest(sampleGOdata, algorithm = "classic", statistic = "ks") resultKS.elim <- runTest(sampleGOdata, algorithm = "elim", statistic = "ks") ################################################### ### chunk number 10: ################################################### allRes <- GenTable(sampleGOdata, classicFisher = resultFisher, classicKS = resultKS, elimKS = resultKS.elim, orderBy = "elimKS", ranksOf = "classicFisher", topNodes = 10) ################################################### ### chunk number 11: ################################################### if(require(xtable)) print(xtable(apply(allRes, 2, as.character)), floating = FALSE) ################################################### ### chunk number 12: ################################################### pValue.classic <- score(resultKS) pValue.elim <- score(resultKS.elim)[names(pValue.classic)] plot(pValue.classic, pValue.elim, xlab = "p-value classic", ylab = "p-value elim", cex = .5) ################################################### ### chunk number 13: eval=FALSE ################################################### ## showSigOfNodes(sampleGOdata, score(resultKS.elim), firstSigNodes = 5, useInfo = 'all') ################################################### ### chunk number 14: ################################################### printGraph(sampleGOdata, resultKS.elim, firstSigNodes = 5, fn.prefix = "tGO", useInfo = "all", pdfSW = TRUE) ################################################### ### chunk number 15: ################################################### library(topGO) library(ALL) data(ALL) ################################################### ### chunk number 16: ################################################### BPterms <- ls(GOBPTerm) head(BPterms) ################################################### ### chunk number 17: ################################################### library(genefilter) selProbes <- genefilter(ALL, filterfun(pOverA(0.20, log2(100)), function(x) (IQR(x) > 0.25))) eset <- ALL[selProbes, ] ################################################### ### chunk number 18: ################################################### ensembl2GO <- readMappings(file = system.file("examples/ensembl2go.map", package = "topGO")) str(head(ensembl2GO)) ################################################### ### chunk number 19: ################################################### GO2ensembl <- inverseList(ensembl2GO) str(head(GO2ensembl)) ################################################### ### chunk number 20: ################################################### geneNames <- names(ensembl2GO) head(geneNames) ################################################### ### chunk number 21: ################################################### myInterestedGenes <- sample(geneNames, length(geneNames) / 10) geneList <- factor(as.integer(geneNames %in% myInterestedGenes)) names(geneList) <- geneNames str(geneList) ################################################### ### chunk number 22: ################################################### GOdata <- new("topGOdata", ontology = "MF", allGenes = geneList, annot = annFUN.gene2GO, gene2GO = ensembl2GO) ################################################### ### chunk number 23: ################################################### GOdata ################################################### ### chunk number 24: ################################################### y <- as.integer(sapply(eset$BT, function(x) return(substr(x, 1, 1) == 'T'))) table(y) ################################################### ### chunk number 25: ################################################### geneList <- getPvalues(exprs(eset), classlabel = y, alternative = "greater") ################################################### ### chunk number 26: ################################################### topDiffGenes <- function(allScore) { return(allScore < 0.01) } x <- topDiffGenes(geneList) sum(x) ## the number of selected genes ################################################### ### chunk number 27: ################################################### GOdata <- new("topGOdata", description = "GO analysis of ALL data based on diff. expression.", ontology = "BP", allGenes = geneList, geneSel = topDiffGenes, annot = annFUN.db, nodeSize = 5, affyLib = affyLib) ################################################### ### chunk number 28: ################################################### allProb <- featureNames(ALL) groupProb <- integer(length(allProb)) + 1 groupProb[allProb %in% genes(GOdata)] <- 0 groupProb[!selProbes] <- 2 groupProb <- factor(groupProb, labels = c("Used", "Not annotated", "Filtered")) tt <- table(groupProb) tt ################################################### ### chunk number 29: eval=FALSE ################################################### ## pValue <- getPvalues(exprs(ALL), classlabel = y, alternative = "greater") ## geneVar <- apply(exprs(ALL), 1, var) ## dd <- data.frame(x = geneVar[allProb], y = log10(pValue[allProb]), groups = groupProb) ## xyplot(y ~ x | groups, data = dd, groups = groups) ################################################### ### chunk number 30: ################################################### pValue <- getPvalues(exprs(ALL), classlabel = y, alternative = "greater") geneVar <- apply(exprs(ALL), 1, var) dd <- data.frame(x = geneVar[allProb], y = log10(pValue[allProb]), groups = groupProb) library(lattice) trellis.device(device = pdf, theme = col.whitebg(), file = "whichProbe.pdf", width = 9, height = 7) legendLab <- paste(names(table(groupProb)), " (#", table(groupProb), ")", sep = "") pP <- xyplot(y ~ x | groups, data = dd, groups = groups, xlab = "Variance", ylab = "Log of p-values", layout = c(2, 2), key = list(text = list(lab = legendLab), points = list(pch = 20, cex = 2, col = Rows(trellis.par.get("superpose.symbol"), 1:3)$col), size = 7, padding.text = 3, x = .65, y = .7, corner = c(0, 0), border = TRUE, cex = 1), panel = function(x, y, ...) { selY <- y <= -2 panel.xyplot(x[selY], y[selY], pch = 2, ...) panel.xyplot(x[!selY], y[!selY], pch = 20, ...) panel.abline(h = -2, lty = 2, col = "black") }) print(pP) dev.off() ################################################### ### chunk number 31: ################################################### description(GOdata) description(GOdata) <- paste(description(GOdata), "Object modified on:", format(Sys.time(), "%d %b %Y"), sep = " ") description(GOdata) ################################################### ### chunk number 32: ################################################### a <- genes(GOdata) ## obtain the list of genes head(a) numGenes(GOdata) ################################################### ### chunk number 33: ################################################### selGenes <- sample(a, 10) gs <- geneScore(GOdata, whichGenes = selGenes) print(gs) ################################################### ### chunk number 34: ################################################### gs <- geneScore(GOdata, whichGenes = selGenes, use.names = FALSE) print(gs) gs <- geneScore(GOdata, use.names = FALSE) str(gs) ################################################### ### chunk number 35: ################################################### sg <- sigGenes(GOdata) str(sg) numSigGenes(GOdata) ################################################### ### chunk number 36: ################################################### .geneList <- geneScore(GOdata, use.names = TRUE) GOdata ## more available genes GOdata <- updateGenes(GOdata, .geneList, topDiffGenes) GOdata ## the available genes are now the feasible genes ################################################### ### chunk number 37: ################################################### graph(GOdata) ## returns the GO graph ug <- usedGO(GOdata) head(ug) ################################################### ### chunk number 38: ################################################### sel.terms <- sample(usedGO(GOdata), 10) num.ann.genes <- countGenesInTerm(GOdata, sel.terms) ## the number of annotated genes num.ann.genes ann.genes <- genesInTerm(GOdata, sel.terms) ## get the annotations head(ann.genes) ################################################### ### chunk number 39: ################################################### ann.score <- scoresInTerm(GOdata, sel.terms) head(ann.score) ann.score <- scoresInTerm(GOdata, sel.terms, use.names = TRUE) head(ann.score) ################################################### ### chunk number 40: ################################################### termStat(GOdata, sel.terms) ################################################### ### chunk number 41: ################################################### goID <- "GO:0044255" gene.universe <- genes(GOdata) go.genes <- genesInTerm(GOdata, goID)[[1]] sig.genes <- sigGenes(GOdata) ################################################### ### chunk number 42: ################################################### my.group <- new("classicCount", testStatistic = GOFisherTest, name = "fisher", allMembers = gene.universe, groupMembers = go.genes, sigMembers = sig.genes) contTable(my.group) runTest(my.group) ################################################### ### chunk number 43: ################################################### test.stat <- new("classicCount", testStatistic = GOFisherTest, name = "Fisher test") resultFis <- getSigGroups(GOdata, test.stat) ################################################### ### chunk number 44: ################################################### resultFisher ################################################### ### chunk number 45: ################################################### test.stat <- new("classicScore", testStatistic = GOKSTest, name = "KS tests") resultKS <- getSigGroups(GOdata, test.stat) ################################################### ### chunk number 46: ################################################### test.stat <- new("elimCount", testStatistic = GOFisherTest, name = "Fisher test", cutOff = 0.01) resultElim <- getSigGroups(GOdata, test.stat) ################################################### ### chunk number 47: ################################################### test.stat <- new("weightCount", testStatistic = GOFisherTest, name = "Fisher test", sigRatio = "ratio") resultWeight <- getSigGroups(GOdata, test.stat) ################################################### ### chunk number 48: ################################################### resultFis <- runTest(GOdata, algorithm = "classic", statistic = "fisher") ################################################### ### chunk number 49: eval=FALSE ################################################### ## weight01.fisher <- runTest(GOdata, statistic = "fisher") ## weight01.t <- runTest(GOdata, algorithm = "weight01", statistic = "t") ## elim.ks <- runTest(GOdata, algorithm = "elim", statistic = "ks") ## ## weight.ks <- runTest(GOdata, algorithm = "weight", statistic = "ks") #will not work!!! ################################################### ### chunk number 50: ################################################### whichTests() whichAlgorithms() ################################################### ### chunk number 51: ################################################### pvalFis <- score(resultFis) head(pvalFis) hist(pvalFis, 50, xlab = "p-values") ################################################### ### chunk number 52: ################################################### head(score(resultWeight)) ################################################### ### chunk number 53: ################################################### pvalWeight <- score(resultWeight, whichGO = names(pvalFis)) head(pvalWeight) cor(pvalFis, pvalWeight) ################################################### ### chunk number 54: ################################################### geneData(resultWeight) ################################################### ### chunk number 55: ################################################### allRes <- GenTable(GOdata, classic = resultFis, KS = resultKS, elim = resultElim, weight = resultWeight, orderBy = "weight", ranksOf = "classic", topNodes = 20) ################################################### ### chunk number 56: ################################################### if(require(xtable)) print(xtable(apply(allRes, 2, as.character)), floating = FALSE) ################################################### ### chunk number 57: ################################################### goID <- allRes[1, "GO.ID"] print(showGroupDensity(GOdata, goID, ranks = TRUE)) ################################################### ### chunk number 58: ################################################### goID <- allRes[10, "GO.ID"] gt <- printGenes(GOdata, whichTerms = goID, chip = affyLib, numChar = 40) ################################################### ### chunk number 59: ################################################### if(require(xtable)) print(xtable(gt), floating = FALSE) ################################################### ### chunk number 60: eval=FALSE ################################################### ## showSigOfNodes(GOdata, score(resultFis), firstSigNodes = 5, useInfo = 'all') ## showSigOfNodes(GOdata, score(resultWeight), firstSigNodes = 5, useInfo = 'def') ################################################### ### chunk number 61: ################################################### printGraph(GOdata, resultFis, firstSigNodes = 5, fn.prefix = "tGO", useInfo = "all", pdfSW = TRUE) printGraph(GOdata, resultWeight, firstSigNodes = 5, fn.prefix = "tGO", useInfo = "def", pdfSW = TRUE) ################################################### ### chunk number 62: eval=FALSE ################################################### ## printGraph(GOdata, resultWeight, firstSigNodes = 10, resultFis, fn.prefix = "tGO", useInfo = "def") ## printGraph(GOdata, resultElim, firstSigNodes = 15, resultFis, fn.prefix = "tGO", useInfo = "all") ################################################### ### chunk number 63: ################################################### toLatex(sessionInfo())