### R code from vignette source 'vignettes/gene2pathway/inst/doc/gene2pathway.Rnw'
### Encoding: UTF-8

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### code chunk number 1: no.nonsense
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rm(list=ls())


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### code chunk number 2: gene2pathway.Rnw:83-84
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library(gene2pathway)


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### code chunk number 3: gene2pathway.Rnw:86-87 (eval = FALSE)
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## gene2pathway("FBgn0030327", flyBase=TRUE, organism="dme") 


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### code chunk number 4: gene2pathway.Rnw:89-91
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pred.comp = gene2pathway.signaltrans("43856", organism="dme") # prediction of the signaling pathway component for Entrez gene ID 387129 for human
pred.comp


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### code chunk number 5: gene2pathway.Rnw:97-101
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data(classificationModel_dme)     # load the bagged model
modelKEGG[[1]]$allpathways        # all employed KEGG hierarchy levels
head(modelKEGG[[1]]$used_domains[[10]]) # Which InterPro domains are used by the first model to detect Phosphatidylinositol signaling?
head(modelKEGG[[2]]$W)                  # How are input code vectors weighted?


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### code chunk number 6: gene2pathway.Rnw:116-117
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toLatex(sessionInfo())