################################################### ### chunk number 1: setup ################################################### #line 19 "BuildPackage.Rnw" options(width = 40) ################################################### ### chunk number 2: skeleton eval=FALSE ################################################### ## #line 158 "BuildPackage.Rnw" ## ## objects to be included in the package ## area_rec <- function(width, length) width*length ## area_circle <- function(r) pi*r^2 ## obj <- c("area_rec", "area_circle") ## ## package.skeleton("StudentGWAS", list=obj, ## namespace=TRUE) ################################################### ### chunk number 3: code-block eval=FALSE ################################################### ## #line 469 "BuildPackage.Rnw" ## library(tools) ## Sweave("foo.Rnw") ## texi2dvi("foo.tex", pdf=TRUE, clean=TRUE) ## Stangle("foo.Rnw") ################################################### ### chunk number 4: install eval=FALSE ################################################### ## #line 612 "BuildPackage.Rnw" ## souce("http://bioconductor.org/course-package/courseInstall.R") ## courseInstall("codetoolsBioC") ################################################### ### chunk number 5: codetoolsBioC eval=FALSE ################################################### ## #line 617 "BuildPackage.Rnw" ## library(codetoolsBioC) ## ls(2) ################################################### ### chunk number 6: use writeNamespaceImports eval=FALSE ################################################### ## #line 625 "BuildPackage.Rnw" ## library(Biobase) ## writeNamespaceImports("Biobase") ################################################### ### chunk number 7: nidemo-demo eval=FALSE ################################################### ## #line 741 "BuildPackage.Rnw" ## library(StudendSWAS) ## StudentGWAS:::.test()