### R code from vignette source 'vignettes/TSCAN/inst/doc/TSCAN.Rnw'
### Encoding: UTF-8

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### code chunk number 1: TSCAN.Rnw:45-48
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library(TSCAN)
data(lpsdata)
procdata <- preprocess(lpsdata)


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### code chunk number 2: TSCAN.Rnw:57-59
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STAT2expr <- log2(lpsdata["STAT2",]+1)
lpspseudotime <- TSPpseudotime(procdata, geneexpr = STAT2expr, dim = 2)


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### code chunk number 3: TSCAN.Rnw:64-65
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plotpseudotime(lpspseudotime, markerexpr = STAT2expr)


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### code chunk number 4: TSCAN.Rnw:72-75
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diffval <- difftest(procdata,lpspseudotime[[1]])
#Selected differentially expressed genes under qvlue cutoff of 0.05
head(row.names(diffval)[diffval$qval < 0.05])


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### code chunk number 5: TSCAN.Rnw:79-80
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singlegeneplot(STAT2expr, lpspseudotime[[1]])


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### code chunk number 6: TSCAN.Rnw:89-94
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subpopulation <- data.frame(cell = colnames(procdata), sub = ifelse(grepl("Unstimulated",colnames(procdata)),0,1), stringsAsFactors = FALSE)
#Comparing ordering with or without marker gene information
order1 <- TSPpseudotime(procdata, geneexpr = STAT2expr, dim = 2)
order2 <- TSPpseudotime(procdata, dim = 2)
orders <- list(order1[[1]],order2[[1]])


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### code chunk number 7: TSCAN.Rnw:98-99
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orderscore(subpopulation, orders)