### R code from vignette source 'vignettes/SigCheck/inst/doc/SigCheck.Rnw'

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### code chunk number 1: style
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BiocStyle::latex()


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### code chunk number 2: loadData
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library(breastCancerNKI)
data(nki)
nki


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### code chunk number 3: showPhenoData
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varLabels(nki)


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### code chunk number 4: tDMFS
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nki$t.dmfs


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### code chunk number 5: eDMFS
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nki$e.dmfs


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### code chunk number 6: excludeNA
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dim(nki)
nki <- nki[,!is.na(nki$e.dmfs)]
dim(nki)


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### code chunk number 7: loadKnown
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library(SigCheck)
data(knownSignatures)
names(knownSignatures)


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### code chunk number 8: getVANTVEER
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names(knownSignatures$cancer)
vantveer <- knownSignatures$cancer$VANTVEER
vantveer


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### code chunk number 9: showFeatureAnno
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fvarLabels(nki)


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### code chunk number 10: sigCheck1 (eval = FALSE)
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## nkiResults <- sigCheck(nki, classes="e.dmfs", annotation="HUGO.gene.symbol",
##                    signature=vantveer, validationSamples=275:319, 
##                    knownSignatures="cancer",nIterations=1000)


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### code chunk number 11: loadResults
###################################################
data(nkiResults)


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### code chunk number 12: classifierResults
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nkiResults$checkClassifier


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### code chunk number 13: mode1
###################################################
sum(nki$e.dmfs[1:274]==0)
sum(nki$e.dmfs[1:274]==1)


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### code chunk number 14: mode2
###################################################
sum(nki$e.dmfs[274:319]==0)
sum(nki$e.dmfs[274:319]==1)


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### code chunk number 15: sigCheckNKIRandom
###################################################
sigCheckPlot(nkiResults[[2]])


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### code chunk number 16: sigCheckNKIKnown
###################################################
sigCheckPlot(nkiResults[[3]])


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### code chunk number 17: perfKnown
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knownHigh <- nkiResults$checkKnown$performanceKnown > 
               nkiResults$checkClassifier$sigPerformance
nkiResults$checkKnown$performanceKnown[knownHigh]


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### code chunk number 18: sigCheckNKIPermuteFeature
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sigCheckPlot(nkiResults[[4]])


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### code chunk number 19: sigCheckNKIPermuteCategory
###################################################
sigCheckPlot(nkiResults[[5]])


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### code chunk number 20: loo
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results <- sigCheckClassifier(nki, classes="e.dmfs", 
                             signature=vantveer, 
                             annotation="HUGO.gene.symbol")
results


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### code chunk number 21: multicoreparam
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CoresToUse <- 6
library(BiocParallel)
mcp <- MulticoreParam(workers=CoresToUse)
register(mcp, default=TRUE)


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### code chunk number 22: setcores
###################################################
options(mc.cores=CoresToUse)


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### code chunk number 23: sessionInfo
###################################################
toLatex(sessionInfo())