### R code from vignette source 'vignettes/GOexpress/inst/doc/GOexpress-UsersGuide.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: GOexpress-UsersGuide.Rnw:18-19 ################################################### options(useFancyQuotes="UTF-8") ################################################### ### code chunk number 2: GOexpress-UsersGuide.Rnw:90-92 (eval = FALSE) ################################################### ## source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ## biocLite("GOexpress") ################################################### ### code chunk number 3: GOexpress-UsersGuide.Rnw:109-110 ################################################### maintainer("GOexpress") ################################################### ### code chunk number 4: GOexpress-UsersGuide.Rnw:134-135 ################################################### citation(package="GOexpress") ################################################### ### code chunk number 5: GOexpress-UsersGuide.Rnw:182-185 ################################################### data(AlvMac) # import the training dataset library(GOexpress) # load the GOexpress package ################################################### ### code chunk number 6: GOexpress-UsersGuide.Rnw:192-194 ################################################### exprs(AlvMac)[1:5,1:5] # Subset of the expression data head(pData(AlvMac)) # Subset of the phenotypic information ################################################### ### code chunk number 7: GOexpress-UsersGuide.Rnw:209-210 ################################################### head(rownames(exprs(AlvMac))) # Subset of gene identifiers ################################################### ### code chunk number 8: GOexpress-UsersGuide.Rnw:228-230 ################################################### is.factor(AlvMac$Treatment) # assertion test AlvMac$Treatment # visual inspection ################################################### ### code chunk number 9: GOexpress-UsersGuide.Rnw:239-240 ################################################### AlvMac$Treatment <- factor(AlvMac$Treatment) ################################################### ### code chunk number 10: GOexpress-UsersGuide.Rnw:248-249 ################################################### AlvMac_results <- GO_analyse(eSet = AlvMac, f = "Treatment") ################################################### ### code chunk number 11: GOexpress-UsersGuide.Rnw:274-275 ################################################### data(microarray2dataset) ################################################### ### code chunk number 12: GOexpress-UsersGuide.Rnw:286-291 ################################################### names(AlvMac_results) # Data slot names str(AlvMac_results) # Details of data slots head(AlvMac_results$GO, n=5) # Ranked table of GO terms (subset) head(AlvMac_results$genes, n=5) # Ranked table of genes (subset) head(AlvMac_results$mapping) # Gene to gene ontology mapping table (subset) ################################################### ### code chunk number 13: GOexpress-UsersGuide.Rnw:302-308 ################################################### BP <- subset_scores(result = AlvMac_results, namespace = "biological_process") MF <- subset_scores(result = AlvMac_results, namespace = "MF") # alias for "molecular_function" CC <- subset_scores(result = AlvMac_results, namespace = "CC") # cellular_component ################################################### ### code chunk number 14: GOexpress-UsersGuide.Rnw:329-338 ################################################### BP.5 <- subset_scores(result = AlvMac_results, namespace = "biological_process", total = 5) # requires 5 or more associated genes MF.10 <- subset_scores(result = AlvMac_results, namespace = "molecular_function", total = 10) CC.15 <- subset_scores(result = AlvMac_results, namespace = "cellular_component", total = 15) ################################################### ### code chunk number 15: GOexpress-UsersGuide.Rnw:366-367 ################################################### head(BP.5$GO, n=10) ################################################### ### code chunk number 16: GOexpress-UsersGuide.Rnw:381-383 ################################################### heatmap_GO(go_id = "GO:0034142", result = BP.5, eSet=AlvMac, cexRow=0.4, cexCol=1, cex.main=1, main.Lsplit=30) ################################################### ### code chunk number 17: GOexpress-UsersGuide.Rnw:397-399 ################################################### heatmap_GO(go_id = "GO:0034142", result = BP.5, eSet=AlvMac, f="Group", cexCol=1, cex.main=1, main.Lsplit=30) ################################################### ### code chunk number 18: GOexpress-UsersGuide.Rnw:409-411 ################################################### cluster_GO(go_id = "GO:0034142", result = BP.5, eSet=AlvMac, cex.main=1, cex=0.4, main.Lsplit=30) ################################################### ### code chunk number 19: GOexpress-UsersGuide.Rnw:425-427 ################################################### cluster_GO(go_id = "GO:0034142", result = BP.5, eSet=AlvMac, f = "Time", cex.main=1, cex=0.4, main.Lsplit=30) ################################################### ### code chunk number 20: GOexpress-UsersGuide.Rnw:438-439 ################################################### table_genes(go_id = "GO:0034142", result = BP.5) ################################################### ### code chunk number 21: GOexpress-UsersGuide.Rnw:453-454 ################################################### list_genes(go_id = "GO:0034142", result = BP.5) ################################################### ### code chunk number 22: GOexpress-UsersGuide.Rnw:473-476 ################################################### expression_plot(gene_id = "ENSBTAG00000047107", result = BP.5, eSet=AlvMac, x_var = "Timepoint", title.size=1.5, legend.title.size=10, legend.text.size=10, legend.key.size=15) ################################################### ### code chunk number 23: GOexpress-UsersGuide.Rnw:494-497 ################################################### expression_plot(gene_id = "ENSBTAG00000047107", result = BP.5, eSet=AlvMac, x_var = "Animal", title.size=1.5, axis.text.angle=90, legend.title.size=10, legend.text.size=10, legend.key.size=15) ################################################### ### code chunk number 24: GOexpress-UsersGuide.Rnw:508-511 ################################################### expression_plot_symbol(gene_symbol = "BIKBA", result = BP.5, eSet=AlvMac, x_var = "Timepoint", title.size=1.5, legend.title.size=10, legend.text.size=10, legend.key.size=15) ################################################### ### code chunk number 25: GOexpress-UsersGuide.Rnw:544-550 ################################################### AlvMac$Animal.Treatment <- paste(AlvMac$Animal, AlvMac$Treatment, sep="_") expression_profiles(gene_id = "ENSBTAG00000047107", result = AlvMac_results, eSet=AlvMac, x_var = "Timepoint", line.size=1, seriesF="Animal.Treatment", linetypeF="Animal", legend.title.size=10, legend.text.size=10, legend.key.size=15) ################################################### ### code chunk number 26: GOexpress-UsersGuide.Rnw:564-570 ################################################### expression_profiles(gene_id = "ENSBTAG00000047107", result = AlvMac_results, eSet=AlvMac, x_var = "Timepoint", lty=rep(1,10), # use line-type 1 for all 10 groups seriesF="Animal.Treatment", linetypeF="Animal", legend.title.size=10, legend.text.size=10, legend.key.size=15, line.size=1) ################################################### ### code chunk number 27: GOexpress-UsersGuide.Rnw:579-584 ################################################### expression_profiles_symbol(gene_symbol="TNIP3", result = AlvMac_results, x_var = "Timepoint", linetypeF="Animal", line.size=1, eSet=AlvMac, lty=rep(1,10), seriesF="Animal.Treatment", title.size=1.5, legend.title.size=10, legend.text.size=10, legend.key.size=15) ################################################### ### code chunk number 28: GOexpress-UsersGuide.Rnw:601-604 ################################################### plot_design(go_id = "GO:0034134", result = BP.5, eSet=AlvMac, ask = FALSE, factors = c("Animal", "Treatment", "Time", "Group"), main.Lsplit=30) ################################################### ### code chunk number 29: GOexpress-UsersGuide.Rnw:624-625 ################################################### AlvMac$Time <- factor(AlvMac$Time) ################################################### ### code chunk number 30: GOexpress-UsersGuide.Rnw:638-640 ################################################### subEset(eSet=AlvMac, subset=list(Time=c("2H","6H","24H"), Treatment=c("CN","MB"))) ################################################### ### code chunk number 31: GOexpress-UsersGuide.Rnw:659-660 ################################################### overlap_GO(go_ids = head(BP.5$GO$go_id, n=5), result = BP.5, filename=NULL) ################################################### ### code chunk number 32: GOexpress-UsersGuide.Rnw:675-676 ################################################### hist_scores(result = BP.5, labels = TRUE) ################################################### ### code chunk number 33: GOexpress-UsersGuide.Rnw:683-684 ################################################### quantiles_scores(result = BP.5) ################################################### ### code chunk number 34: GOexpress-UsersGuide.Rnw:701-702 ################################################### BP.5.byScore <- rerank(result = BP.5, rank.by = "score")